בפרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בבולגריה כ-48,000 יהודים ולמעלה ממחציתם בבירה סופיה. במהלך מלחמת העולם השנייה נרדפו יהודי בולגריה על ידי השלטון הבולגרי והיו כפופים לחוק להגנת האומה שדמה במתכונתו לחוקי נירנברג. כ-9,000 גברים יהודים נשלחו לעבודות כפייה ורבים בעיקר משטחי יוגוסלביה הכבושה נשלחו למחנות הריכוז הגרמניים.
חודש מרץ 1943 היה הגורלי בתולדות הקהילה. ב-10 במרץ נכשל ניסיון גירושם למחנות ההשמדה של לפחות 6,365 מיהודי “בולגריה הישנה” (השטחים שלא נכבשו על ידה), בשל מאבק עיקש שניהלו ראשי הקהילות השונות שהסתייעו בקומץ פוליטיקאים וראשי הכנסייה הבולגרית. קבוצה של חברי פרלמנט, ראשי כנסיות, דמויות ציבוריות ואזרחים מן השורה התאחדו על מנת ללחוץ על המלך ועל הממשלה שלא לשתף פעולה. ב-24 במאי 1943 בוטלה תוכנית הגירוש של 48,000 יהודי בולגריה, וכך הם שרדו את המלחמה. אירועים אלו מכונים מבצע הצלת יהודי בולגריה. אף על פי שרוב היהודים שגורשו מבולגריה נספו, שיעור ההישרדות של האוכלוסייה היהודית בבולגריה היה מהגבוהים ביותר ממדינות הציר.